Le Cristal du CNRS distingue chaque année des ingénieurs, des techniciens et des administratifs pour leur créativité, leur maîtrise technique et leur sens de l'innovation.

Olivier Arnaiz

Ingénieur d’études bioinformaticien, Olivier Arnaiz a été distingué par l’Institut National des Sciences Biologiques et s’est vu attribuer le Cristal du CNRS 2011.

En développant la base ParameciumDB, Olivier Arnaiz a démontré une grande maîtrise des concepts et technologies du domaine et sa capacité à collaborer aussi bien avec les biologistes utilisateurs de la ressource qu’avec les développeurs des outils génériques du projet international GMOD (Generic Model Organism Database Project) utilisé pour construire la base. Il est maintenant développeur GMOD et contribue au code.

Mais c’est avec la seconde base, Cildb, qu’Olivier Arnaiz a fait preuve d’une créativité et d’une originalité hors du commun. En effet, à l’aide d’outils existants, il a réussi à créer une base de données tout à fait novatrice. En moins d’un an, l’existence de cette base a permis à l’équipe de Jean Cohen de prendre sa place au niveau international dans le domaine très compétitif des ciliopathies.

Membre désormais de la toute nouvelle équipe créée par Linda Sperling, Olivier Arnaiz, 30 ans, est déjà l’auteur de 9 publications dans des revues à comité de lecture, dont 4 en premier auteur.

Lien vers la base ParameciumDB

Lien vers la base Cildb

Page de l'équipe de Linda Sperling

Page de l'équipe de Jean Cohen

Publications d'Olivier Arnaiz

- Nowak, J. K., Gromadka, R., Juszczuk, M., Jerka-Dziadosz, M., Maliszewska, K., Mucchielli, M. H., Gout, J. F., Arnaiz, O., Agier, N., Tang, T., Aggerbeck, L. P., Cohen, J., Delacroix, H., Sperling, L., Herbert, C. J., Zagulski, M., Betermier, M. (2011) A functional study of genes essential for autogamy and nuclear reorganization in Paramecium. Eukaryot Cell, 10 (3) 363-72.

- Arnaiz O, Sperling L. (2010) ParameciumDB in 2011: new tools and new data for functional and comparative genomics of the model ciliate Paramecium tetraurelia. Nucleic Acids Res. 39 (Database issue) D632-6.

- Arnaiz, O., Gout, J-F., Bétermier, M., Bouhouche, K., Cohen, J., Duret, L., Kapusta, A., Meyer, E. and Sperling, L. (2010) Gene expression in a paleopolyploid: a transcriptome resource for the ciliate Paramecium tetraurelia. BMC Genomics, 11:547.

- Arnaiz, O., Malinowska, A., Klotz, C., Sperling, L., Dadlez, M., Koll, F. & Cohen J. (2009) Cildb: a knowledgebase for centrosomes and cilia. Database, doi:10.1093/database/bap022.

- O'Connor, B. D., Day, A., Cain, S., Arnaiz, O., Sperling, L. and Stein, L. D. (2008) GMODWeb: a web framework for the Generic Model Organism Database. Genome Biol, 9 (6) R102.

- Duret, L., Cohen, J., Jubin, C., Dessen, P., Gout, J., Mousset, S., Aury, J., Jaillon, O., Noel, B., Arnaiz, O., Betermier, M., Wincker, P., Meyer, E. and Sperling, L. (2008) Analysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: a somatic view of the germ line. Genome Res, 18 (4) 585-96.

- Gogendeau, D., Klotz, C., Arnaiz, O., Malinowska, A., Dadlez, M., Garreau de Loubresse, N., Ruiz, F., Koll, F. and Beisson, J. (2008) Functional diversification of centrins and cell morphological complexity. J Cell Sci, 121 (1) 65-74.

- Arnaiz, O., Cain, S., Cohen, J. and Sperling, L. (2007) ParameciumDB: a community resource that integrates the Paramecium tetraurelia genome sequence with genetic data. Nucleic Acids Res 35 (Database issue) D439-44.

- Aury, J. M., Jaillon, O., Duret, L., Noel, B., Jubin, C., Porcel, B. M., Segurens, B., Daubin, V., Anthouard, V., Aiach, N., Arnaiz, O., Billaut, A., Beisson, J., Blanc, I., Bouhouche, K., Camara, F., Duharcourt, S., Guigo, R., Gogendeau, D., Katinka, M., Keller, A.-M., Kissmehl, R., Klotz, C., Koll, F., Le Mouel, A., Lepere, G., Malinsky, S., Nowacki, M., Nowak, J. K., Plattner, H., Poulain, J., Ruiz, F., Serrano, V., Zagulski, M., Dessen, P., Betermier, M., Weissenbach, J., Scarpelli, C., Schachter, V., Sperling, L., Meyer, E., Cohen, J. and Wincker, P. (2006) Global trends of whole-genome duplications revealed by the ciliate Paramecium tetraurelia. Nature, 444 (7116) 171-8.