L'équipe

Hervé Delacroix, Professeur, Université Paris-Sud 11

Annie Glatigny, Ingénieur

Marie-Hélène Mucchielli-Giorgi, Maître de Conférences, UPMC

Notre adresse

CNRS - Centre de Génétique Moléculaire

Avenue de la Terrasse - Bât. 24

91198 GIF-SUR-YVETTE Cedex

FRANCE

Téléphone : 33 (0)1 69 82 38 75

Thématiques de recherche

Notre équipe de Bioinformatique, créée en septembre 2003, développe une activité de recherche dans le cadre de l'analyse à haut débit du transcriptome et dans le cadre de l'analyse des interactions et des assemblages protéines-protéines.

Jusqu'en juillet 2009, l'équipe a travaillé en étroite collaboration avec la plate-forme puces-à-ADN Gif/Orsay. Cette coopération a conduit au développement de stratégies originales d’analyse quantitative des données issues des expériences menées sur la plateforme : (1) développement de nouvelles méthodes dans le domaine de l'étude à haut débit du transcriptome (schéma d'expériences, acquisition et analyse du signal, traitement statistique) et (2) développement de nouvelles approches en imagerie dynamique pour l'étude des interactions protéines ligand.

Depuis juillet 2009, nous avons choisi de mettre à profit notre expérience dans l'étude des interactions entre protéines et dans le développement de méthodes liées à l'analyse transcriptomique, pour développer deux nouveaux projets de recherche : d’une part, un projet de modélisation des processus d'assemblage de complexes protéiques et d’autre part, un projet de modélisation de l’évolution des réseaux de régulations transcriptomiques.

Pour en savoir plus

Modélisation in silico de l’assemblage des complexes protéiques : une approche de Bioinformatique intégrative

Modélisation de l’évolution de réseaux de régulation

Analyse des images provenant d’expériences de biopuces

Sélection de publications

- Glatigny, A., Mathieu, L., Herbert, CJ., Dujardin, G., Meunier, B., Mucchielli-Giorgi, MH. (2011) An in silico approach combined with in vivo experiments enables the identification of a new protein whose overexpression can compensate for specific respiratory defects in Saccharomyces cerevisiae. BMC Syst Biol, 5 (1) 173.

- Nowak, J. K., Gromadka, R., Juszczuk, M., Jerka-Dziadosz, M., Maliszewska, K., Mucchielli, M. H., Gout, J. F., Arnaiz, O., Agier, N., Tang, T., Aggerbeck, L. P., Cohen, J., Delacroix, H., Sperling, L., Herbert, C. J., Zagulski, M., Betermier, M. (2011) A functional study of genes essential for autogamy and nuclear reorganization in Paramecium. Eukaryot Cell, 10 (3) 363-72.

- Bidard, F., Aït Benkhali, J., Coppin, E., Imbeaud, S., Grognet, P., Delacroix, H. and Debuchy, R. (2011) Genome-Wide Gene Expression Profiling of Fertilization Competent Mycelium in Opposite Mating Types in the Heterothallic Fungus Podospora anserina. PLoS ONE, 6 (6) e21476.

- Tyler, AI., Shearman, GC., Brooks, NJ., Delacroix, H., Law, RV., Templer, RH., Ces, O., Seddon, JM. (2011) Hydrostatic pressure effects on a hydrated lipid inverse micellar Fd3m cubic phase. Phys Chem Chem Phys, 13 (8) 3033-8.

- Bidard, F., Imbeaud, S., Reymond, N., Lespinet, O., Silar, P., Clave, C., Delacroix, H., Berteaux-Lecellier, V. and Debuchy, R. (2010) A general framework for optimization of probes for gene expression microarray and its application to the fungus Podospora anserina. BMC Res Notes, 3 (1) 171.

- Loe-Mie, Y., Lepagnol-Bestel, AM., Maussion, G., Doron-Faigenboim, A., Imbeaud, S., Delacroix, H., Aggerbeck, L., Pupko, T., Gorwood, P., Simonneau, M., Moalic, JM. (2010) SMARCA2 and other genome-wide supported schizophrenia-associated genes: regulation by REST/NRSF, network organization and primate-specific evolution. Hum Mol Genet, 19 (14) 2841-57.

- Maunoury, N., ..., Agier, N., Marisa, L., Vaubert, D., Delacroix, H., ... Aggerbeck, L., Kondorosi, E., Mergaert, P. (2010) Differentiation of symbiotic cells and endosymbionts in Medicago truncatula nodulation are coupled to two transcriptome-switches. PLoS One, 5 (3) e9519.

- Turpaev, K., Glatigny, A., Bignon, J., Delacroix, H. and Drapier, J.-C. (2010) Variation in gene expression profiles of human monocytic U937 cells exposed to various fluxes of nitric oxide. Free Radic Biol Med, 48 (2) 298-305.

- Bury-Moné, S., Nomane, Y., Reymond, N., Barbet, R., Jacquet, R., Imbeaud, S., Jacq, A. and Bouloc, P. (2009) Global analysis of extracytoplasmic stress signaling in Escherichia coli. PLoS Genetics, 5 (9) e1000651.

- Glatigny A., Delacroix H., Tang T., François N., Aggerbeck L., Mucchielli-Giorgi M-H. (2009) Characterisation and correction of signal fluctuations in successive acquisitions of microarray images. BMC Bioinformatics, 10 (1) 98.

- Bourens, M., Panozzo, C., Nowacka, A., Imbeaud, S., Mucchielli, M.-H. and Herbert, C.-J. (2009) Mutations in the Saccharomyces cerevisiae Kinase Cbk1p, Lead to a Fertility Defect That Can Be Suppressed by the Absence of Brr1p or Mpt5p (Puf5p), Proteins Involved in RNA Metabolism. Genetics, 183 (1) 161-73.

- Bourges, I., Mucchielli, M.-H., Herbert, C.-J., Guiard, B., Dujardin, G. and Meunier, B. (2009) Multiple Defects in the Respiratory Chain Lead to the Repression of Genes Encoding Components of the Respiratory Chain and TCA Cycle Enzymes. J Mol Biol, 23 (1) 23-42.

- Narjoz, C., Marisa, L., Imbeaud, S., Paris, A., Delacroix, H., Beaune, P., De Waziers, I. (2009) Genomic consequences of cytochrome P450 2C9 overexpression in human hepatoma cells. Chem Res Toxicol, 22 (5) 779-87.

- Lepagnol-Bestel, A., Zvara, A., Maussion, G., Quignon, F., Ngimbous, B., Ramoz, N., Imbeaud, S., Loe-Mie, Y., Benihoud, K., Agier, N., Salin, P., Cardona, A., Khung-Savatovsky, S., Kallunki, P., Delabar, J., Puskas, L., Delacroix, H., Aggerbeck, L., Delezoide, A., Delattre, O., Gorwood, P., Moalic, J. and Simonneau, M. (2009) DYRK1A interacts with the REST/NRSF-SWI/SNF chromatin remodelling complex to deregulate gene clusters involved in the neuronal phenotypic traits of Down syndrome. Hum Mol Genet, 18 (8) 1405-14.

- Benoit, V., Mucchielli-Giorgi, M.-H., Dumont, B., Durosay, P., Reymond, N. and Delacroix, H. (2008) PPIDD: An extraction and visualisation method of biological protein-protein interfaces. Biochimie, 90 (4) 640-7.

- Marisa, L., Ichanté, J.-L., Reymond, N., Aggerbeck, L., Delacroix, H. and Mucchielli-Giorgi, M.-H. (2007) MAnGO: an interactive R-based tool for two-colour microarray analysis. Bioinformatics, 23 (17) 2339-41.

- Matsunaga, F., Glatigny, A., Mucchielli-Giorgi, M.-H., Agier, N., Delacroix, H., Marisa, L., Durosay, P., Ishino, Y., Aggerbeck, L. P. and Forterre, P. (2007) Genomewide and biochemical analyses of DNA-binding activity of Cdc6/Orc1 and Mcm proteins in Pyrococcus sp. Nucleic Acids Res, 35 (10) 3214-22.

- Tang, T., François, N., Glatigny, A., Agier, N., Mucchielli, M., Aggerbeck, L. and Delacroix, H. (2007) Expression ratio evaluation in two-colour microarray experimentsis significantly improved by correcting image mis-alignment. Bioinformatics, 23 (20) 2686-91.