CGM - Département Expression des Gènes
Métabolisme et fonction de l’ARN dans le noyau
Responsable : Domenico LIBRI
MàJ : 07/06/10
L'équipe
Jocelyne Boulay, Techniciennne, CNRS
Jean-Baptiste Briand, Etudiant M2
Jessie Colin, Post-doctorant
Marie-Claire Daugeron, Maître de Conf., Univ. Paris-Sud 11
Martina Frezzarin, doctorante stagiaire, Univ. Padoue
François Lacroute, Prof. Emérite, UPMC
Domenico Libri, Directeur de Recherche, CNRS
Xi Peng Liu, Post-doctorant
John Mouaikel, Post-doctorant
Odil Porrua Fuerte, Post-doctorante
Mathieu Rougemaille, Chargé de Recherche, CNRS
Tommaso Villa, Chargé de recherche, CNRS
Notre adresse
CNRS - UPR 2167
Centre de Génétique Moléculaire
Avenue de la Terrasse - Bât. 24
91198 GIF-SUR-YVETTE Cedex
FRANCE
Tél. : 33 (0)1 69 82 38 09
Fax : 33 (0)1 69 82 38 77
Thématique
Notre équipe combine les outils génétiques à des approches biochimiques, en utilisant la levure S. cerevisiae comme système modèle, pour développer 3 axes de recherche :
• Nous étudions le métabolisme et les fonctions d’une nouvelle catégorie d’ARNs non codants, les CUTs (Cryptic Unstable Transcripts), identifiés récemment par notre équipe en collaboration avec les laboratoire de A. Jacquier (Institut Pasteur) et Bertrand Séraphin (CGM). Ces ARNs sont très instables et ne peuvent en général pas être détectés dans les souches sauvages de levure. Ils représentent cependant une part importante de transcription cachée (c’est à dire transcription sans production d’ARNs detectables)du génome de levure. Nous étudions la fonction (si elle existe) de ces ARNs ainsi que l’origine de leur transcription et de leur dégradation.
“Many thanks to Ebbe Sloth Andersen for his beautiful drawings”
• Nous étudions également la fonction de complexes protéiques et de facteurs impliqués dans l’assemblage des ribonucléoprotéines contenant l’ARN messager (mRNP) et leur export vers le cytoplasme. Notre étude porte aussi sur les mécanismes de contrôle de la qualité des mRNP qui provoquent le rejet de molécules défectueuses afin d’éviter que des messages incorrects ou contradictoires soient exprimés.
• Nous avons récemment identifié un nouveau complexe protéique très conservé au cours de l’évolution. Ce complexe est impliqué dans l’activation transcriptionnelle et dans la maintenance de télomère chez la levure. Nous menons actuellement sa caractérisation biochimique afin de comprendre par quels mécanismes ce complexe affecte ces deux processus.
Publications significatives
(links to pdf files)
Revues
- Villa, T., Rougemaille, M. and Libri, D. (2008) Nuclear quality control of RNA polymerase II ribonucleoproteins in yeast: tilting the balance to shape the transcriptome. Biochimica et Biophysica Acta, 1779 (9) 524-31.
- Rougemaille, M., Villa, T., Gudipati, R. K. and Libri, D. (2008) mRNA journey to the cytoplasm: attire required. Biol Cell, 100 (6) 327-42.
- Jensen, T. H., Dower, K., Libri, D., and Rosbash, M. (2003). Early formation of mRNP: license for export or quality control? Mol Cell 11, 1129-1138.
Articles
- Colin, J., Libri, D., Villa, T. (2010) Sex matters in the birth of genes. Cell Res, 20 (5) 499-501.
- Libri, D. (2010) Nuclear poly(a)-binding proteins and nuclear degradation: take the mRNA and run? Mol Cell, 37 (1) 3-5.
- Rougemaille, M., Dieppois, G., Kisseleva-Romanova, E., Gudipati, R.-K., Lemoine, S., Blugeon, C., Boulay, J., Jensen, T.-H., Stutz, F., Devaux, F. and Libri, D. (2008) THO/Sub2p functions to coordinate 3'-end processing with gene-nuclear pore association. Cell, 135 (2) 308-21.
- Assenholt, J., Mouaikel, J., Andersen, K.-R., Brodersen, D., Libri, D. and Jensen, T.-H. (2008) Exonucleolysis is required for nuclear mRNA quality control in yeast THO mutants. RNA, 14 (11) 2305-13.
- Thiebaut, M., Colin, J., Neil, H., Jacquier, A., Séraphin, B., Lacroute, F. and Libri, D. (2008) Futile cycle of transcription initiation and termination modulates the response to nucleotide shortage in S. cerevisiae. Mol Cell, 31 (5) 671-82.
- Libri, D. (2008) Quality control: Cell and the city. Biochim Biophys Acta, 1779 (9) 523.
- Hecker, A., Lopreiato, R., Graille, M., Collinet, B., Forterre, P., Libri, D. and van Tilbeurgh, H. (2008) Structure of the archaeal Kae1/Bud32 fusion protein MJ1130: a model for the eukaryotic EKC/KEOPS subcomplex. EMBO J, 27 (17) 2340-2351.
- Gudipati, R. K., Villa, T., Boulay, J. and Libri, D. (2008) Phosphorylation of RNA polymerase CTD dictates transcription termination choice. Nat Str Mol Biol, 15 (8) 786-94.
- Rougemaille, M., Gudipati, R. K., Olesen, J. R., Thomsen, R., Seraphin, B., Libri, D. and Jensen, T. (2007) Dissecting mechanisms of nuclear mRNA surveillance in THO/sub2 complex mutants. EMBO J, 26 (9) 2317-26.
- Thiebaut, M., Kisseleva-Romanova, E., Rougemaille, M., Boulay, J. and Libri, D. (2006). Transcription termination and nuclear degradation of cryptic unstable transcripts: a role for the nrd1-nab3 pathway in genome surveillance. Mol Cell, 23 (6) 853-64.
- Kisseleva-Romanova, E., Lopreiato, R., Baudin-Baillieu, A., Rousselle, J.-C., Ilan, L., Hofmann, K., Namane, A., Mann, C. and Libri, D. (2006) Yeast homolog of a cancer-testis antigen defines a new transcription complex. EMBO J, 25 (15) 3576-85.
- Cerchia, L., Duconge, F., Pestourie, C., Boulay, J., Aissouni, Y., Gombert, K., Tavitian, B., de Franciscis, V., and Libri, D. (2005). Neutralizing aptamers from whole-cell SELEX inhibit the RET receptor tyrosine kinase. PLoS Biol 3, e123.
- Wyers, F., Rougemaille, M., Badis, G., Rousselle, J., Dufour, M., Boulay, J., Regnault, B., Devaux, F., Namane, A., Seraphin, B., Libri, D., and Jacquier, A. (2005). Cryptic pol II transcripts are degraded by a nuclear quality control pathway involving a new poly(A) polymerase. Cell 121, 725-737.
- Jensen, T., Boulay, J., Olesen, J., Colin, J., Weyler, M., and Libri, D. (2004). Modulation of transcription affects mRNP quality. Molecular Cell 16, 2, 235-244.
- Libri D, Dower K, Boulay J, Thomsen R, Rosbash M, Jensen TH.(2002) Interactions between mRNA export commitment, 3'-end quality control, and nuclear degradation. Mol Cell Biol. 22 (23) 8254-66
- Jensen TH, Boulay J, Rosbash M, Libri D. (2001) The DECD box putative ATPase Sub2p is an early mRNA export factor. Curr Biol 11 (21) 1711-5.
- Libri D, Graziani N, Saguez C, Boulay J. (2001) Multiple roles for the yeast SUB2/yUAP56 gene in splicing. Genes Dev 15 (1) 36-41.
Toutes les publications de l'équipe depuis 2000 :
